保护区境内的古栈道遗迹有两处：一处为位于沣峪的古子午道上的古栈道遗迹，另一处为位于石砭峪的古栈道遗迹。
     （1）古子午道遗址。位于保护区西部，即今天的210国道。古子午道始辟于汉平帝元始五年（公元5年）。三国魏将钟会伐蜀、晋桓温命司马勋伐秦、唐时蜀郡涪州贡杨贵妃荔枝、明末孙传庭围剿李自成起义军、1932年中国工农红军徐向前、徐海东部出川陕根据地、1949年胡宗南率部南逃入川皆由此道出入。今210国道沿途的河面岩壁上遗留有多处古栈道遗迹。子午古栈道依山傍水，沿溪而行，奇山异水，叠连不绝，自然风光十分幽美。

古栈道

    （2）义谷道遗址。位于保护区东部，始建于北周保定二年（公元562年），由柞水县城经太河与花门楼至古长安，可行古兵车，至解放初，仍是连接秦岭南北的交通要道。沙柞公路建成后日渐荒废。在石砭峪内河的两侧多处可见古栈道遗迹。其上游的走马场和耍钱厂是古道中途休息的地方，曾建有大量客栈。

义谷道